В целях оптимального использования кадрового потенциала создано 6 лабораторий:

геодинамики, минеральных и энергетических ресурсов (зав. лабораторией к.г.-м.н. В.А.Ахмадулин);

рационального природопользования (зав. лабораторией к.г.-м.н. Б.О.Иванюк);

экологии и биологических ресурсов (и.о. зав. лабораторией Т.А.Рубцова);

социально-экономического развития ЕАО (зав. лабораторией к.т.н. В.И.Журнист);

социальных систем (зав. лабораторией к.м.н. Б.М.Андриевский);

комплексного анализа устойчивости территориальных систем (зав. лабораторией к.г.-м.н. В.В.Юшманов);

музей природных ресурсов ЕАО (на правах лаборатории) (д.г.-м.н., проф. В.А.Буряк).