Вопрос об организации института в Еврейской автономной области имеет длительную историю и впервые возник в 1988 году в связи с Постановлением ЦК КПСС от 30 декабря 1988 года "Об обращении в посольство СССР в Бонне представителя Американского Еврейского комитета (АЕК)".

25 марта 1989 года Президиум ДВО АН СССР принял постановление N 49 "Об организации научных подразделений в г. Биробиджане".

Президиум АН СССР, рассмотрев представление Президиума ДВО, принял постановление от 1 марта 1990 года N 423 "Об организации Института региональных системных исследований ДВО АН СССР" на базе научных подразделений Института экономических исследований ДВО АН СССР. Научно-методическое руководство поручено Отделению экономики АН СССР. Директором-организатором назначен д.э.н. П.А.Минакир.

26 марта 1990 года было принято постановление Совмина СССР "О социально-экономическом и национально-культурном развитии ЕАО на период до 2000 года", в котором п.3 гласил: "согласится с предложениями Совмина РСФСР, Академией наук СССР и Госкомитета по науке и технике о создании в 1990 году в Биробиджане Института комплексного анализа региональных проблем ДВО АН СССР".

6 декабря 91 года и.о. директора был назначен д.г.н. Ф.Н.Рянский. Произошла смена акцентов в научных направлениях и переориентация на Отделение океанологии, физики атмосферы и географии.

В апреле 1997 года директором ИКАРП ДВО РАН избирается д.г.-м.н. А.А.Врублевский.

С 1998 года научно-методическое руководство осуществляют также дополнительно Отделение геологии, геохимии, геофизики и горных наук и Отделение общей биологии.